Могут отказать в предоставлении второй части отпуска военнослужащему?

Здравствуйте!

Нет, Вам не могут отказать в предоставлении отпуска. Отпуск может быть перенесен по исключительным обстоятельствам, не связаннным с регистрацией.

Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 "Вопросы прохождения военной службы" (вместе с "Положением о порядке прохождения военной службы")

Статья 29. Порядок предоставления основного отпуска

14. В случае когда основной и (или) дополнительные отпуска за истекший год не были предоставлены военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, в связи с его болезнью или другими исключительными обстоятельствами, отпуск предоставляется военнослужащему в первом квартале следующего года с учетом времени проезда к месту использования отпуска и обратно.