Льгота на подоходный налог

Здравствуйте!

Нет это неправомерно.

Для целей обложения подоходным налогом местом основной работы признается наниматель, которому в соответствии с законодательством предоставлено право заключения и прекращения трудового договора и у которого ведется трудовая книжка работника (абз. 2 части второй подп. 2.14 п. 2 ст. 153 НК).

Стандартные налоговые вычеты плательщику предоставляет наниматель по месту основной работы (службы, учебы) плательщика на основании документов, подтверждающих его право на такие налоговые вычеты (п. 3 ст. 164 НК).

При внутреннем совместительстве Ваша организация все равно является местом основной работы, а значит и льготы по подоходному налогу за совмещение так же должны применяться.