Как получить паспорт после окончания вида на жительство?

Здравствуйте.

В любом случае без суда вам не обойтись. Так как для оформления ВНЖ, тоже нужно подверждение того, что вы проживали в Крыму на момент референдума (а именно на 18 марта 2014 года).

Вот тут перечень необходимых документов для ВНЖ, одним из которых является решение суда об установлении факта проживания:

http://www.fms.gov.ru/treatment/voprosy/info_dlya_instrn_grzhdn_v_krymu/

Вам нужно собирать справки с работы, копию трудовой, справки из медучреждений (если обращались), всевозможные чеки, квитанции об оплате услуг и прочего, составить акт проживания, с подписями трех соседей (или брать справку из ЖЕУ, что вы проживали по указанному адресу с определенного времени по настоящее время), отказ ФМС, и с этим пакетом документов обращаться в суд с заявлением об установлении факта проживания в Республике Крым.

На судебное заседание нужно пригласить двух - трех свидетелей (обязательно, и желательно, чтобы это были ваши соседи, с местной пропиской, которые подтвердят, что 18 марта вы были в Симферополе и никуда не выезжали).

Затем после получения решения суда, ждете месяц, когда оно вступит в силу, и снова в УФМС для оформления гражданства (или ВНЖ, но лучше сразу гражданство, так как вы автоматом его имеете право получить согласно ст.4 ФКЗ №6 "О принятии в состав РФ РЕспублики Крым..."), ну и соответственно получите паспорт РФ.