Налогообложение бюджетного учреждения по расходам из средств вне бюджета.

Добрый день. В бюджетном учреждении СПО была проведена выездная налоговая проверка с выявленными значительными недоплатами, штрафами и пеннями за 2010, 2011, 2012г. Основная проблема - взыскание налогов с внебюджетных средств направленных на закупку оборудования ст.310 и имущества ст.340 в отсутствии бюджетных средств совсем (0)руб. или 10-20% от потраченных средств. Причём имущество и материалы в основном использовались для обеспечения бюджетных студентов (выполнение госзсказа).бюджет 20 млн.руб. Внебюджет 6 млн.руб. /в год. В ст. 321/331.1 НК РФ про эти статьи расходов ничего не говорится. Прошу помочь имеющейся практикой.

Григорий