Правомерно ли изъятие паспорта?

Здравствуйте!

С рождения проживал на территории Крыма. На момент референдума проживал в общежитии по временной прописке.

Паспорт РФ получил на общих основаниях, хотя были предоставлены документы о временной прописке. При получении сотрудник ФМС сказала, мол ничего страшного, что прописка была временной.

Сейчас же при подаче документов на прописку на новом месте у меня изымают паспорт мотивируя это тем, что выдали мне его неправомерно. И заставляют собирать документы на поведение проверки на гражданство РФ.

Взамен оставили мне документ о проверке проверочных мероприятий, где рассказывается, что факт моего гражданства не был подтверждён.

Насколько правомерны их действия на сегодняшний день?

И ещё в списке документов значится нехилая госпошлина в размере 3500 рублей. Могу ли я, ссылаясь на то, что изначально всё произошло по ошибке ФМС, каким-то образом не платить её?